学院制大学是什么意思？
以我所在的专业为例，本科阶段一般设置三个系（有的学校可能会设置四个），每个系下面有两个专业（也有一个专业的）。比如说我们学校的土木与建筑环境系有2个系，一个是土木工程系，一个是建筑设备工程系；土木工程系下设置岩土工程、结构工程、防灾减灾3个专业方向；建筑设备工程系设置供热供燃气通风空调、给排水2个专业方向。到了硕士阶段一般就设置2-4个研究所，每个研究所一般对应一个系的某个研究方向。比如我们学校的建工学院就有5个研究所：水力学及河流动力学研究所、冰川冻土研究所、岩土工程研究所、结构工程研究所和防灾减灾研究所。
当然，有些学校考虑到某些专业的热度或者为引进人才开设新的岗位而设置的研究院所就不一定对应到系了（这种一般是学校想重点发展且需要引进高水平人才的学科），但是这类研究机构一般对科研水平的要求会更高一些。
至于说教学管理，其实各个学校都有自己的一套办法，而且教学管理办法也有很多，但基本的原则就是院系两级管理。比如说我们学校的本科生培养方案是学院提出大方向，然后专业根据自己所具备的条件设定几门核心课程，其他课程由系里确定。在学分方面，一般情况下院里要求修满多少学分才能毕业，系里则进一步细化。例如某所学校要求总学分160分，那么院里会要求必修学分120分，系里就会把专业所要求的选修学分定为40分。
当然，无论是院系两级管理还是校院三级管理，都是指对学生的管理。对于科研工作而言则是按照学校规定的流程申请项目，等审批通过后直接报请学校的实验室主管部门备案即可。