日本留学使馆调查吗？
不调查，但是会留底。 比如你在申请在留资格的时候，需要提供你的无犯罪记录证明（日本叫做“犯罪经历查明书”）。这个文件是由你户籍所在地的公安局或者派出所开具的，原件要寄到日本入国管理局。他们会在内部系统里查到你是否曾经在中国受过刑罚/行政处罚、以及具体的记录情况。
如果你在中国有犯罪记录，而你在申请时在相应栏目里填写了“有”并提供了相应的材料，那么你的护照在过境美国时有可能被边境警察扣留，要求你提供中国司法机关的无罪或罪轻的证明。当然，这种概率是极低的——绝大多数留日学生在申请签证时不会特意提供自己的犯罪记录，而边检民警也没有义务主动要求你出示此类证明材料。 但毕竟是有可能发生的，所以还是建议有意赴日的童鞋不要铤而走险。一旦留下污点，会影响今后的人生。
另外就是在日本的居留期间，如果违法了日本法律，被警察局抓捕处理，也会记录在案，留迹可查（当然，作为外国人的你本身就不会享有和日本人一样的司法权利，如律师代理等）。